Периодически создавать резервные копии своих данных не является паранойей... Это нормально. Кроме этого... 1 раз создав копию настроек своих программ Вы сможете безболезненно мигрировать с одного компа на другой. Согласитесь удобно!

Предположим, для Вас важны:
.filezilla - профили вашего FTP клиента;
.gaim - профили IM и логи общения;
.mozilla-thunderbird - настройки почты;
.purple - профили IM и логи общения;
.thunderbird - сама почта;
.liferea_1.4 - настройки и фиды rss читалки;
.Skype - профиль Skype;
.tomboy - заметки созданные в tomboy.

Самый простой способ сделать резервную копию всего важного, создать архив командой:
tar cvpzf ex.tgz /home/ex/.filezilla /home/ex/.gaim /home/ex/.mozilla-thunderbird /home/ex/.mozilla /home/ex/.purple /home/ex/.thunderbird /home/ex/.liferea_1.4 /home/ex/.Skype /home/ex/.tomboy

В результате я получил архив ex.tgz весом 140 метров. Теперь можно смело скопировать его на флешку или закатать на болванку и жить спокойно.

Для восстановления (раз архивации) используйте команду:
tar xvpfz backup.tgz -C