Для конвертации видео с одного формата в другой нам поможет программа ffmpeg.

ffmpeg - это программа для командной строки, предназначенная для конвертации видео с одного формата в другой и записи в режиме реального времени с ТВ-карты. Более детальную информацию ищите на странице проекта ffmpeg.

Установка в Ubuntu Linux довольно проста: достаточно выполнить команду:

sudo apt-get install ffmpeg

Использовать команду следует в терминале. Пример вызова:

ffmpeg -i SilentSong.flv SilentSong.avi

где SilentSong.flv -имя исходного файла,
а SilentSong.avi - результирующего.

В программе существует много ключей, с помощью которых вы сможете задавать размер выходного изображения, выбирать нужные кодеки, задавить битрейт видео и аудио и многое другое. Для получения помощи наберите:

man ffmpeg

От себя добавлю: программа работает довольно быстро и подходит для быстрой конвертации видеоклипов с одного формата в другой.